La Facultad de Odontología, como parte de la Universidad de la República, cuenta con un Consejo de 12 integrantes, pertenecientes a los tres órdenes universitarios: estudiantes, egresadas, egresados y docentes. 

El Consejo tiene la función de dirigir y administrar la institución y es presidido por la decana o decano, mientras que las demás personas que lo integran son designadas a través de las elecciones universitarias que se realizan cada cuatro años. 

En las elecciones, además, se eligen a los 35 representantes de la Asamblea del Claustro de la Facultad y a los siete representantes a la Asamblea General del Claustro de la Udelar.

El Consejo, a su vez, es asesorado por diferentes Comisiones que pueden ser permanentes o accesorias, así como cogobernadas, técnicas o académicas. 

Referencia: Ley Orgánica de la Universidad de la República